Tüp bebek yapılma nedenine bağlı olarak bazı kadınlarda düşük yapma ihtimali artar. Ancak bu artış tüp bebek tedavisinin etkisi değil, tüp bebek tedavisine de yol açan diğer tıbbi durumların etkisidir. Normal yollarla oluşan gebelikler ile sadece kadınlarda tüplerin tıkalı olması nedeniyle yapılan tüp bebek tedavisiyle elde edilen gebelikler kıyaslandığında düşük oranları açısından anlamlı bir farklılık yoktur.