Embriyo transferi basit ve ağrısız bir işlemdir. Bazen vajinismus gibi durumlarda anestezi altında yapılabilirse de genellikle anestezi gerektirmemektedir. Embriyo transferi sırasında hasta jinekolojik pozisyonda yatmaktadır. Spekulum takılarak vajina ve serviks (rahim ağzı) steril bir solüsyon ile temizlenir. Embriyolog transfer edilecek embriyoları mikroskop altında çok az miktardaki özel bir sıvı ile birlikte özel bir enjektöre yükler. Transferi gerçekleştirecek hekim karından ultrason eşliğinde ince bir kateter yardımı ile embriyoları rahme verir. Rahmin ultrason ile net görülebilmesi, kateterin endometrium boyunca ilerleyişinin gözlenebilmesi ve transferin kolaylıkla yapılabilmesi için idrara sıkışık iken transfer işlemi yapılmaktadır. Transfer sonrası kateter ve enjektör kalan embriyo(lar) yönünden embriyolog tarafından kontrol edilir. Transfer edilen embriyoların rahme implantasyonu (yerleşmesi) 3-4 gün sonra başlamaktadır. Transfer sonrası yarım saat yatarak istirahat yeterlidir ve uzun süre ayağa kalkmadan yatmanın gebelik sonuçları üzerine pozitif etkisinin olmadığı bilinmektedir. Transfer edilen embriyoların kalitesi yine sonucu etkileyen faktörlerin başında gelmektedir. Genellikle embriyolar hücre sayıları, hücrelerin şekilleri ve fragmantasyon denilen hücre içi artık maddeler yönünden mikroskop altında incelenerek kalite sınıflandırması yapılmaktadır. Embriyo kalitesi arttıkça rahme tutunma potansiyeli de artmaktadır. Çalışmalar embriyoların üçte birinin genetik olarak anormal olduğunu ortaya koymuştur. Normal görünen bir embriyo genetik olarak sorunlu olabilir.