Tekrarlayan tüp bebek başarısızlıklarında immünolojinin yeri vardır. Ancak sanıldığı gibi çok yüksek oranda başarısızlıklara neden olmaz. Genellikle immünolojik faktörlerin tekrarlayan başarısızlıklarındaki yeri %5-10 civarındadır. Birtakım otoimmün hastalıklar yani vücudun kendi savunma mekanizmasına karşı oluşan hastalıklar lupus hastalıklar tiroit bezine, over bezine karşı oluşan immun hastalıklar tekrarlayan başarısızlıklara neden olabilir. Bunun yanında kanama pıhtılaşma faktörlerindeki bozukluklar tekrarlayan tüp bebek başarısızlıklarına neden olur. Eğer bir çiftte 2 veya 3 kere denemelerde başarılı ve iyi embriyo transferine rağmen gebelik elde edilemiyorsa bu immünolojik faktörlere pıhtılaşma faktörlerine bunların genetik menşelerini araştırmak ve gerektiğinde buna yönelik tedavi yapmak başarı şansını arttıracaktır.