Medikamentet që përdoren gjatë trajtimit të fekondimit në epruvetë, tani janë më të pastra, doza përmbajtëse e tyre është më e saktë si dhe prodhohen në atë mënyrë që të jenë më të lehta për tu përdorur. Kjo bën që në ditët e sotme terapia të jetë më e besueshme, të ketë më pak efekte anësore si dhe që medikamentet të jenë më të lehta për t’u përdorur nga vetë pacienti.

Si çdo medikament dhe terapi tjetër edhe medikamentet për fekondim në epruvetë kanë efekte anësore tek pacienti. Në shumicën e rasteve efektet anësore janë të përkohshme dhe kalojnë për një periudhë të shkurtër kohore dhe shumë rrallë mund të ndodh që këto medikamente të mund të kërcënojnë shëndetin e pacientit. Këto medikamente, edhe pse jo shpesh mund të çojnë në acarim të lehtë të lëkurës në pjesën e aplikimit (injektimit). Gjithashtu, edhe pse rrallë dhe me shkallë jo shumë të rëndë mund të shkaktojnë kokëdhimbje, ndjeshmëri në gjoks, rritje të temperaturës, lodhje dhe mund ta bëjë personin më të ndjeshëm emocionalisht. Një prej shqetësimeve të grave që janë në terapi të fekondimit në epruvetë është shtimi i peshës. Për një periudhë të shkurtër mund të shfaqet ndryshimi në oreks ose rritje e peshës për shkak të shtimit të ujit dhe lëngjeve në trup. Mirëpo kjo periudhë është e kalueshme dhe nëse nuk teprohet në marrjen e ushqimit atëherë nuk shkakton shtim të përhershëm të peshës. Një tjetër shqetësim që është i shpeshtë ka të bëjë me atë nëse medikamentet të cilat përdoren për IVF shkaktojnë kacer apo shfaqjen e hershme të menopauzës. Janë bërë shumë studime mbi këtë temë dhe të dhënat nuk kanë treguar të ketë lidhje të drejtpërdrejt midis kancerit të gjirit apo të vezoreve dhe medikamenteve të përdorura për trajtim IVF. Për gratë jo-pjellore të cilat nuk kanë lindur asnjëherë dhe që nuk kanë pasur asnjëherë trajtim, studimet kanë treguar se këto gra janë në rrezik më të lartë për kancer të vezoreve. Gjithashtu, kjo terapi nuk i zbraz vezët nga vezoret, kështu që assesi nuk mund të shkaktojë menopauzën tek pacientja. Medikamentet që përdoren në terapitë për zhvillimin e vezëve mund të çojnë në rritjen e tepruar të vezoreve, ënjtjen e stomakut, marramendjen, si dhe të vjella. Situata e quajtur OHSS (sindroma e hiperstimulimit të vezoreve) mund të shfaqet në tri nivele, të lehtë, mesatare dhe të rëndë. Më së shpeshti shfaqet tipi i lehtë, në të cilën vërehet se vezoret janë rritur dhe shfaqen turbullime të lehta në stomak. Në këto raste duhet që personi të pushojë dhe nëse është e nevojshme të përdoren analgjetikët. Në OHSS-në mesatare, këtyre simptomave i shtohen edhe marramendja, të vjellat dhe ënjtja e barkut është më e madhe. Në këto raste mund të nevojitet që rasti të përcillet nga mjeku dhe të përdoren terapi afatshkurtra për përmirësimin e gjendjes së pacientit. Në rastet e OHSS të rëndë, mblidhen lëngjet në abdomen dhe gjithashtu shkaktohet edhe vështirësia në frymëmarrje, gjë që prish balancën e trupit tek pacienti. Vërehet përafërsisht në 1% e të pacientëve dhe në këto raste mund të kërkohet që pacientja të shtrihet në spital. Simptomat zakonisht shfaqen pas 4-5 ditëve nga procesi i grumbullimit të vezëve. OHSS-ja e lehtë dhe mesatare mund të shërohet brenda disa ditëve. Nëse transferi i embrionit është bërë dhe gruaja ka mbetur shtatzëne, shërimi vonohet dhe mund të kërkojë ndonjëherë disa javë për tu shëruar plotësisht. Faktori më i rëndësishëm për t’iu shmangur OHSS-së është që të terapia të përcillet nga afër. Nëse pacientja ka pasur një reagim të fortë ndaj medikamentit dhe nëse është rritur shumë niveli i hormonit estradoil. atëherë ky nivel pritet të bie në ditët në vazhdim pa përdorur medikamente. Për shkak se shtatzënia mund ta rëndoj këtë gjendje, tek pacientët në rrezik preferohet që të mos bëhet transferimi i embrioneve por në vend të saj ato të ngrihen dhe të ruhen. Pasi vezoret e pacientes të kthehen në gjendjen e tyre të mëparshme, lirohen embrionet e ngrira dhe bëhet transferimi. Në këtë mënyrë, pacientja mbrohet nga OHSS-ja e rëndë, kështu që mundësia për shtatzëni nuk ndikohet negativisht nga kjo gjendje.