Yumurta toplama işlemi HCG iğnesinden 34-36 saat sonra yapılmaktadır. Yumurta toplama işlemi lokal anestezi ile de yapılabilmesine rağmen bizde anestezi doktoru gözetiminde genel anestezi altında yapılmaktadır. Amaç hastanın hiçbir şekilde ağrı ve acı duymamasını sağlamaktır. İşlem 5-15 dakika sürmektedir. Yumurta toplama işleminde hasta jinekolojik pozisyonda yatarken spekulum dediğimiz alet takılır ve rahim ağzı (serviks) ile vajina steril bir solüsyon ile temizlenerek spekulum çıkarılır. Daha sonra vajinal ultrason probuna bağlı bir iğne ile ultrason ekranında görerek foliküllerin içine girilir ve yumurtalıklardaki her bir folikül içerisi tamamen boşalana kadar iğne ile aspire edilir. Embriyologlar bu foliküler sıvı içerisinde yumurta olup olmadığını mikroskop altında bakarak kontrol ederler ve bulunan yumurtalar sıvıdan ayrılarak bir kaba alınır. Her bir folikülden yumurta gelmeyebilir. Bazı nadir durumlarda foliküller ultrason ile görülmesine rağmen hiçbirinden yumurta alınamayabilir ve bu duruma boş folikül sendromu denilmektedir. Sıklığı %1’dir ve nedeni net olarak bilinmemektedir. Fakat yumurta rezervi sıkıntılı olan bayanlarda daha sık görüldüğü ifade edilmektedir. OPU sonrası hafif ağrılar olabilmekte, fakat genellikle ağrı kesicilerle ertesi gün devam etmemektedir. Aşırı ağrı durumlarında doktor bilgilendirilmeli ve gerekirse ultrason ile kontrol yapılmalıdır. Bir ya da iki gün süren koyu kırmızı, kahverengi kanamalar normal kabul edilir, fakat kırmızı ve uzun süreli ya da aşırı ise mutlaka doktor bilgilendirilmelidir. Anesteziye bağlı bulantı ve kusma da görülebilmektedir. İşlem sonrası 24 saat istirahat yeterlidir.