Endometriozis tedavisinde değişik görüşler ve fikirler vardır ve bunlar oldukça tartışmalıdır. Öncelikle şu görüş yerleşmiştir, erken evre endometrio ise tedavi yapalım mı? Yapmayalım mı? Genellikle erken evre endometriozise cerrahi tedavi önerilmemektedir. Buna karşılık eğer hastada bir çikolata kisti varsa veya peritoneal bölgelerde ağrı yapan endometriozis varsa veya da hastanın vajinanın arkasında rahmin alt kısımlarında endometriozis modülleri varsa bu takdirde bu hastalarının tedavi olması gerekmektedir.

Çikolata kistlerinin tedavi edilmesi için genel kanı 5 cm’in üstünde olması önerilmektedir. Genellikle 3 ile 5 cm‘in arasındaki kistlerin tedavisi tartışmalıdır. 3 cm’in altında da gerekmedikçe cerrahi müdahale yapılmaz. Bunun dışında hastanın şiddetli semptomları varsa münasebet sırasında da ağrıları varsa veya da douglas dediğimiz rahmin arkasında modülleri varsa bu takdirde bu hastalara cerrahi tedavi yapılabilir. Bu endometriozis odakları ya yakılır koterize edilir veya lazerle tahrip edilir veya da cerrahi olarak çıkartılma yollarına girilir.